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Le pape Jules II avait commandé ces loges à Bramante en 1512. A la mort de Bramante en 1515, Raphaël et son atelier achevèrent les loges du 1er étage et construisirent celles du 2e étage, dites aussi « seconde loge ».
Les treize travées de la seconde loge, dite loge de Raphaël, sont le fruit de la collaboration de Raphaël, de ses élèves et de Giulio Romano, Giovan Francesco Penni, Tommaso Vincidor, Pellegrino da Modena, Vincenzo Tamagni da San Gimignano, Polidoro Caldara da Caravaggio, Perin del Vaga, Giovanni da Udine.
Le cycle de ces fresques représente des scènes de l’Ancien Testament. Elles ont été peintes entre 1518 et 1519 et constituent la « Bible de Raphaël ».